En esta ciudad conoció al capitán Juan Rodríguez Suárez, quien lo reclutó para emprender la exploración y conquista de los territorios de las “Sierras Nevadas”, que se encontraba en la comarca donde se fundará Mérida.
Desde este punto, cambian hacia el NO y una vez que han descubierto el sitio adecuado, Rodríguez Suárez fundaba la ciudad de Mérida y nombrará a Trejo alguacil mayor del nuevo enclave, y una vez que se ha materializado la edificación de los primeros bohíos, Trejo acompañaba al capitán fundador a recorrer la comarca andina y bajarán hasta las orillas del Lago de Maracaibo para intentar pacificar a los indígenas que no cesan de guerrear desde que llegaron los españoles.
Un año después, casualmente Trejo se encontraba en Santa Fe de Bogotá cuando Rodríguez Suárez escapaba de la cárcel; interrogado sobre la posible ayudad que prestara al capitán, hábilmente pudo demostrar su inocencia.
En este incidente estuvieron a punto de perecer los españoles, pero la buena disposición de Trejo salvó la situación ya que estando herido animó a sus compañeros y salvaron la vida.
Pero estos desprecios y olvidos, no harán mella en el ánimo de aquel incansable soldado, que siempre estará dispuesto a colaborar donde lo soliciten.
Con la habilidad que le caracterizaba se hacía amigo de los belicosos indígenas y conseguía comida para toda la tropa.