Su figura se torna odiosa para los portugueses, pues es quien aplica las políticas del Conde Duque de altos impuestos y demanda de tropas para los conflictos en que se ve envuelta España en esas fechas.
El hecho de ser él mismo portugués hace que nobles y pueblo le califiquen de traidor.
Tras la proclamación de Felipe II como Felipe I de Portugal (la llamada en Portugal Tercera Dinastía o Dinastía Filipina), Portugal sigue manteniendo su autonomía administrativa y legislativa según el principio de unión dinástica aeque principaliter.
[1] Pero con el ascenso de Felipe IV, Portugal se ve arrastrado a conflictos que no considera como propios, lo que le ocasiona pérdidas comerciales, altos impuestos y bajas en sus ejércitos desplazados.
Tras varios intentos fallidos, en el golpe de Estado de 1640 los rebeldes entran en el Palacio de Lisboa y sorprenden a Vasconcelos, que trata de ocultarse en un armario sin éxito, para ser defenestrado por la fachada del Palacio Real que da a la Plaza del Mercado de Lisboa muriendo.