Finalmente, el club no consiguió el objetivo de la salvación y descendió a Tercera División.
Esa temporada, el Burgos se quedó con la miel en los labios tras ser eliminado en la Fase de Ascenso por el Conquense.
La Temporada 2005-2006 entrenada por el técnico coruñés “Fabri” el equipo se mantuvo durante toda la campaña en los puestos altos de la clasificación.
Mikel Aurreko, se lesionó, a principio de temporada y disputó 30 encuentros encajando 18 goles.
Aurreko, que tuvo de competencia a Arasa y Jonathan, jugó 26 partidos, encajando 41 tantos.
La siguiente temporada tampoco fue buena tanto para el Burgos CF como para Mikel que jugó 22 partidos encajando un total de 19 goles.
Actualmente Mikel Aurreko continua defendiendo la elástica blanquinegra relegado a un papel secundario siendo suplente del recién llegado Antonio Lechuga Mateos.