Jugaba en la posición de defensa, su primer equipo fue el Club Deportivo Olimpia.
[4] Milton Palacios inició su carrera futbolística en 1998 con el Club Deportivo Olimpia y en 1999 se fue al Club Deportivo Victoria, de su ciudad natal, por cuatro años.
Con este club disputó 58 partidos y marcó 6 goles.
En 2009 regresó al Olimpia, con el que apenas logró disputar solo un partido,[9] por lo que regresó a Marathón por dos años, disputando 11 partidos y anotando dos goles.
En 2011 firmó nuevamente por el Victoria, con el que jugó 15 partidos y anotó 1 gol, para posteriormente retirarse ese mismo año.