Su hijo Minamoto no Yoritomo se convirtió en shōgun y fundó el shogunato Kamakura, el primero en la historia del país.
Cuando estalló la Rebelión Hōgen en 1156, los miembros de los clanes samurái Minamoto y Taira se vieron involucrados en el conflicto.
Yoshitomo, al derrotar a su padre y las fuerzas de Sutoku y Yorinaga, se convirtió en el líder del clan y se estableció como la máxima autoridad política en Kioto pero aun después de desesperados intentos para que su padre fuera perdonado, éste fue ejecutado.
El resultado fue que se estableció una tremenda rivalidad política entre ambos clanes.
Tres años después, en 1159, Yoshitomo y Fujiwara no Nobuyori pusieron en arresto domiciliario a Go-Shirakawa y asesinaron a su sirviente Fujiwara no Michinori en lo que se conoce como la Rebelión Heiji.