Su primer secretario fue el agrimensor Ricardo Miura, ocupando este cargo en los años siguientes el prócer Ramón Matías Mella, así como José Manuel Caminero, Jacinto de la Concha y José Joaquín Puello.
Durante la Segunda República (1865-1916), la institución vivió las crisis financieras que afectaron la política dominicana.
El gobierno del presidente Ulises Heureaux, Lilís, se caracterizó por emisiones monetarias y endeudamientos desmedidos con empresas extranjeras.
Esta situación llevó a la Convención domínico-americana firmada en 1907 por Ramón Cáceres, poniendo las aduanas dominicanas en manos de Estados Unidos.
Durante este período, el organismo pasaría a llamarse Secretaría de Estado del Tesoro y Hacienda.