Mientras su espectro antibiótico ha demostrado ser mucho mayor que el de los demás miembros, incluyendo actividad contra Neisseria meningitidis, su uso de manera profiláctica no se ha autorizado por sus efectos adversos (mareo y vértigo).
Los demás usos de minociclina son compartidos con los otros miembros del grupo tetraciclinas.
Debe recalcarse que todas las tetraciclinas modifican su actividad de una manera particular una vez han pasado su fecha de vencimiento: mientras otras drogas pierden potencia, estas adquieren cualidades tóxicas graves.
[5] También se ha utilizado como tratamiento de última línea en la Toxoplasmosis cerebral asociada al sida.
Minociclina se ha asociado con enfermedades autoinmunes relacionadas con fenómenos alérgicos iniciados por el propio medicamento.