Misión San Rafael Arcángel

Era un hospital para tratar americanos nativos enfermos, haciéndolo el primer sanatorio en Alta California.

[2]​ No fue pretendido para ser una misión sola, pero no obstante creció y prosperó y le fue concedido el estatus de misión en el 19 de octubre de 1822.

Para 1844, la Misión San Rafael Arcángel había sido abandonado; lo que quedó de los edificios vacíos fue vendido por $8,000 en 1846.

La Misión estuvo utilizada por John C. Fremont como su sede durante las batallas para hacer de California una posesión de Estados Unidos (vea Revolución de la Bandera del Oso).

Una iglesia parroquial nueva fue construida cerca las ruinas de la antigua capilla en 1861, y en 1870, el resto de las ruinas fueron removidas para hacer espacio para la ciudad de San Rafael.