Mientras Marner crecía, comenzó a desarrollar sus habilidades sobre hielo con la escuela de hockey 3 Zones.
[3] Marner jugó su carrera menor en la región de Durham y en la Greater Toronto Hockey League (GTHL).
Jugó en la temporada 2011-12 con los Vaughan Kings y ganó un título de GTHL.
[4] Para la temporada 2012-13, Marner hizo la transición a Don Mills Flyers of the GTHL, donde jugó su año de enano menor, registrando 86 puntos en 55 juegos.
[5] Terminó segundo en puntuación en el GTHL detrás de Dylan Strome (quien entonces jugaba con los Toronto Marlboros).
Michael's Buzzers de la Ontario Junior A Hockey League, donde ganó un campeonato.
Durante la temporada 2014-15, Marner jugó magníficamente junto a su compañero de línea Max Domi.
Marner jugó la mayor parte de la temporada como lateral derecho en línea con Dvorak y Matthew Tkachuk.
El trío fue una fuerza dominante y los Caballeros terminaron la temporada regular como el equipo con mayor puntuación en la OHL.
El siguiente juego en su primera noche jugando en Hockey Night en Canadá, Marner anotaría su primer gol en la NHL después de recibir un pase entre sus piernas.
Marner fue el tercer Leaf en ser nombrado Novato del Mes durante la temporada 2016-17, lo que convirtió a los Maple Leafs en el primer equipo de la NHL con tres homenajeados diferentes al Novato del Mes en una campaña.
Esto rompió el récord anterior que ostentaba Gus Bodnar durante 73 años, quien tuvo 40 asistencias en la temporada 1943-1944.
[22] En los últimos 20 años, solo Mario Lemieux registró más asistencias primarias en sus primeros 24 juegos de la temporada que Marner, quien registró 22 asistencias primarias en sus primeros 24 juegos.
Marner volvió a anotar en el mismo período, pero los Leafs perdieron 4-3 ante los Wild.
[25] Terminó la temporada regular liderando al equipo en anotaciones y tercero en la NHL con asistencias con récords personales de 26 goles, 68 asistencias y 94 puntos, convirtiéndose en el primer Maple Leaf en registrar al menos 90 puntos en una temporada desde Mats Sundin en 1996.
Al comienzo de la temporada 2019-20, Marner fue nombrado capitán suplente del equipo.
[29] Marner asistió a Hill Academy, una escuela privada enfocada en atletismo, ubicada en Vaughan.
[29] Al crecer, Marner era fanático de los Toronto Maple Leafs, el equipo que eventualmente lo seleccionó.