En el año 1589 el arzobispo de Burgos don Cristóbal Vela autorizó su traslado a la capital burgalesa, instalándose provisionalmente en la calle de la Puebla y de manera definitiva en la Vega.
Durante la Guerra de la Independencia de 1808 el monasterio fue parcialmente destruido y las monjas no pudieron volver a establecerse en la Vega hasta 1814.
En 1868 el monasterio fue cerrado y la mayor parte de sus monjas se refugió en el convento de las Clarisas.
El edificio fue convertido en Hospicio Provincial entre 1869 y 1872, año en el que pudieron volver las religiosas al monasterio.
Estas monjas dirigieron un colegio para niños pobres entre 1894 y 1946, año en que adoptaron la estricta clausura papal.