Años después se aventuró en el Desierto Oriental para buscar una vida de humildad, soledad y reflexión espiritual.
[2] En el asentamiento original, sus seguidores establecieron solo los edificios más esenciales.
Vivían en celdas solitarias que rodeaban un centro de adoración comunitario donde realizaban la Divina Liturgia.
Durante este tiempo, el monasterio experimentó una ocupación constantemente cambiante ya veces mutua por los monjes coptos de Scetes y por los monjes melkitas del este.
En 615, Juan el Misericordioso, el patriarca melquita, envió a Anastasio de Persia, el jefe del monasterio de San Antonio en ese momento, grandes sumas de dinero y le pidió que llevara a algunos monjes melkitas que eran perseguidos por los persas.
[4] Estos monjes melkitas continuaron supervisando el monasterio hasta finales del siglo VIII.
También se construyó una estructura tipo fortaleza alrededor del monasterio para protegerse de los invasores.
[10] En 1395, durante la Cruzada de Nicópolis, Ogier VIII d'Anglure viajó a Egipto con varios peregrinos franceses.