Es presidida por el Alcalde de Machala, actualmente Darío Macas Salvatierra.
Está conformada por el alcalde, el concejo cantonal y las diferentes direcciones municipales.
Lo respalda la Ley de Régimen Municipal, donde se describe su estructura autónoma, funcional, económica y administrativa, en sus artículos 1 y 16.
La Municipalidad tiene un reglamento orgánico y funcional, que determina su estructura administrativa.
Este reglamento tiene bases en la constitución nacional, y explica su organización de esta manera: