Entre las principales elevaciones de Amixtlán se encuentran los cerros Pucuxín, Equitán y Axtiziu.
Atraviesan Amixtlán numerosos afluentes del Tecolutla, entre ellos el río Amixtlán y el Nepopualco, que reciben a su vez las aguas de varios arroyos de la montaña y desaguan en el río Ajajalpan, que es uno de los principales afluentes del curso alto del río Tecolutla.
El suelo predominante de la región es el litosol, que no tiene gran vocación agrícola.
[10] En 1567 la congregación fue visitada por sacerdotes seculares, sin embargo la documentación parroquial inicial de San José se ha perdido.
La población del municipio en 2005 alcanzaba los 5 mil habitantes, que convivían en el espacio de 33,17 kilómetros cuadrados que abarca la superficie de este municipio.