Desde su creación en 1996, ha tenido conflictos fronterizos con Quintana Roo sobre el posicionamiento de los límites entre ambos estados.
[8] El territorio del municipio de Calkmul hidrológicamente pertenece a la Región Grijalva-Usumacinta, Cuenca Laguna de Términos, a la Región Yuctán-Oeste (Campeche), Cuencas cerradas y la Región Yucatán-Este (Quintana Roo), Cuencas cerradas y Cuenca Bahía de Chetumal y otras.
Ambas corrientes son mayoritariamente estacionales, incrementadas con las lluvias y tienen una dirección predominante de sur a norte, ambos ríos se diluyen en la selva sin llegar a desembocar, así mismo en el municipio tiene su origen el Río Escondido, de la misma naturaleza que los anteriores y que se dirige de oeste a este, se interna en Quintana Roo donde se une al Río Hondo y finalmente en el extremo sureste del territorio fluye el Río Azul, que proveniente del Guatemala, pasa luego a Quintana Roo donde marca un sector del límite internacional con Belice y luego forma al Río Hondo; así mismo se encuentra tres lagunas principales: la Laguna de Noh, Laguna El Teniente y Laguna de Alvarado.
El gobierno del municipio le corresponde al Ayuntamiento, que es electo para un periodo de tres años no reelegibles para el periodo inmediato y está conformado por un Presidente Municipal, ocho regidores, cinco electos por mayoría elativa y tres por representación proporcional y dos síndicos, uno por mayoría y otro por representación proporcional.
La ciudad de Calakmul tiene Hermanamientos con 00005 ciudades alrededor del mundo[13]