Su cabecera es la localidad de San Bartolomé Loxicha.
Su territorio es montañoso, fluctuando su altitud entre 100 y 1 500 metros sobre el nivel del mar.
Limita al noroeste con el municipio de San Baltazar Loxicha, al noreste con el municipio de Santa Catarina Loxicha, al este con el municipio de San Agustín Loxicha, al sur con el municipio de Santa María Tonameca y al oeste con el municipio de Santa María Colotepec.
Las principales, considerando su población del Censo de 2010 son: El municipio de San Bartolomé Loxicha es uno de los 418 municipios oaxaqueños que para la elección de sus autoridades se rige por el principio denominado usos y costumbres, es decir, en ellos no opera el sistema de elección mediante partidos políticos que funciona en todos los restantes municipios de México, como un medio para preservar y proteger las costumbres y cultura del lugar.
El ayuntamiento de San Bartolomé Loxicha está integrado por el presidente municipal, el síndico municipal, cuatro regidores con sus respectivos suplentes, y los cargos denominados alcalde, tesorero municipal, secretario, auxiliar de la secretaría y topiles.