Fue fundado en 1930 y su cabecera es el pueblo de San Gregorio Atzompa.
El municipio incluye en su territorio un total de seis localidades.
Su nombre oficial honra la memoria de Francisco Javier Mina.
En 1520 fue sometido por los españoles y pasó al dominio de la Corona Real, con beneficio para los clérigos.
A principios del siglo XX pertenecía al antiguo Distrito de Cholula y en 1930 aparece como cabecera del municipio libre con el mismo nombre .