Su cabecera es la localidad de San Juan Ñumí.
[4] El municipio abarca 223.13 km² y se encuentra a una altitud promedio de 2200 m s. n. m., oscilando entre 3200 y 1800 m s. n. m.[1][5] Colinda al norte con el municipio de Tezoatlán de Segura y Luna y el municipio de San Antonino Monte Verde, al este con el municipio de San Pedro Mártir Yucoxaco, San Martín Huamelúlpam, Santiago Nundiche y San Antonio Monte Verde, al sur con Santiago Nundiche y con el municipio de San Juan Mixtepec -Distrito 08-, y al oeste con Tezoatlán de Segura y Luna.
[5] El clima de San Juan Ñumí es templado subhúmedo con lluvias en verano en el 65% de su territorio y semicálido subhúmedo con lluvias en verano en el 35% restante.
[5][6] De acuerdo al último censo, realizado por el INEGI en 2010, en el municipio habitan 6 666 personas, repartidas entre 23 localidades.
[8] El municipio se rige mediante el sistema de usos y costumbres, eligiendo gobernantes cada tres años de acuerdo a un sistema establecido por las tradiciones de sus antepasados.