Sus coordenadas geográficas extremas son 17° 48' - 17° 57' y 98° 11' - 98° 21' de longitud oeste, la altitud de su territorio va de 1 800 a 1 100 metros sobre el nivel del mar.
[1] La densidad de población asciende a un total de 6.7 personas por kilómetro cuadrado.
El municipio se encuentra formado por dos localidades.
El ayuntamiento de Santiago Yucuyachi está integrado por el presidente municipal, un síndico y un cabildo integrado por tres regidores.
Para la elección de diputados locales al Congreso de Oaxaca y de diputados federales a la Cámara de Diputados federal, el municipio de San Juan Cieneguilla se encuentra integrado en los siguientes distritos electorales: Local: Federal: