El municipio de San Miguel Panixtlahuaca es uno de los 570 municipios en que se encuentra dividido el estado mexicano de Oaxaca y que se encuentra localizado en la zona costera del mismo.
El municipio de San Miguel Panixtlahuaca se encuentra localizado en la región Costa y en el distrito de Juquila, en la zona sur del estado de Oaxaca.
El municipio se encuentra formado por 11 localidades, las principales y su población de acuerdo al Censo de 2010 son: El gobierno de San Miguel Panixtlahuaca se rige por principio de usos y costumbres que se encuentra vigente en un total de 424 municipios del estado de Oaxaca y en las cuales la elección de autoridades se realiza mediante las tradiciones locales y sin la intervención de los partidos políticos.
El ayuntamiento de San Miguel Panixtlahuaca está integrado por el presidente municipal, un síndico y un cabildo integrado por cinco regidores, además de un funcionario denominado Alcalde único constitucional.
Para la elección de diputados locales al Congreso de Oaxaca y de diputados federales a la Cámara de Diputados federal, el municipio de San Miguel Panixtlahuaca se encuentra integrado en los siguientes distritos electorales: Local: Federal: