Su cabecera es el pueblo del mismo nombre.
El municipio de Santiago Matatlán se encuentra localizado en el centro del estado de Oaxaca, forma parte del distrito de Tlacolula en la región Valles Centrales.
Tiene una superficie territorial de 184.434 kilómetros cuadrados que equivalen al 0.18% de la superficie estatal.
Sus límites corresponden al noroeste con el municipio de Magdalena Teitipac y el municipio de San Bartolomé Quialana, al norte con el municipio de San Lucas Quiaviní y el municipio de San Pablo Villa de Mitla, al este con el municipio de San Dionisio Ocotepec, al extremo sur con el municipio de San Pedro Tototalápam y al suroeste con el municipio de Yaxe y el municipio de San Baltazar Chichicápam.
El municipio se encuentra formado por veintidós localidades, las principales y su población de acuerdo al Censo de 2010 son: Para la elección de diputados locales al Congreso de Oaxaca y de diputados federales a la Cámara de Diputados federal, el municipio de San Bartolomé Quialana se encuentra integrado en los siguientes distritos electorales: Local: Federal: