En el siglo XVIII se redactó un informe sobre el sitio para la Real Academia de las Buenas Letras de Sevilla y se identificaron las ruinas como un castillo, si bien esa interpretación es corregida por Tomás Andrés de Gusseme, quien intuye que «el edificio grande no es propiamente fortaleza o castillo, sino templo o Casa del Senado».
En 1956 se retomaron las investigaciones de la mano del Instituto Arqueológico Alemán, cuyos trabajos continúan en la actualidad.
Los materiales cerámicos más antiguos localizados en el yacimiento son cerámicas púnicas del siglo VII a. C. Estos pocos fragmentos no demuestran, por el momento, la existencia de un asentamiento de esa cronología.
A finales del siglo III la ciudad sufrió un terremoto que marcó el comienzo de su declive.
Su cercanía al centro administrativo y religioso de la ciudad, sugiere que sea así.
La muralla de Munigua, ya en el siglo III en ruinas, es una obra cuando poco curiosa por cuanto nunca se terminó ya que el lado occidental no se llegó a cerrar.
Por encima de ella, en la tercera terraza, se localiza la cella, un edificio pequeño cuyos lados están organizados en nichos enmarcados por pilastras.
La cerámica que data su construcción arroja una cronología post-quem tardo-neroniana o de primera época flavia.
El derrumbe de este edificio se atribuye al terremoto acaecido a finales del siglo III.
Los últimos estudios lo fechan en época flavia, si bien los anteriores propusieron su construcción en un momento posterior: la primera mitad del siglo II.
Un tal Lucius Fulvius Genialis, que fue sacerdote augustal, dedicó otra inscripción a Mercurio.
En su lado norte se conserva una tosca y enorme mesa de piedra que posiblemente estuviera relacionada con ese templete.
Se levanta sobre una terraza artificial en el lado oriental de la colina municipal y a él se llegaba a través de la conocida como Calle del Foro.
Dis Pater es una deidad del inframundo, asociada a Plutón, señor de los infiernos.
El caballo es una figura muy presente en la religión de los pueblos prerromanos peninsulares.
Al Norte del apodyterium se levantaba el caldarium (sala de agua caliente) que no conserva su suelo por lo que es perfectamente visible su hypocaustum (infraestructura destinada a la circulación del aire caliente).
Al Norte del frigidarium hay una serie de estancias construidas en un momento posterior.
La vida de esta casa comienza en el siglo I a. C. y finaliza en época islámica.
En ellas se llevaron a cabo tanto inhumaciones (de decúbito supino) como incineraciones.
El Enclave arqueológico de Munigua está situado en las coordenadas 37°42′47.76″ N 5°44′25.86″ O Existe un sendero desde Villanueva del Río y Minas a las ruinas.