Esto se llevó a cabo gracias a la financiación que proporcionó la Escuela de Arqueología Suiza y la colaboración del Servicio Arqueológico Griego.
En 1990 se trasladaron al museo las esculturas del templo de Apolo Dafnéforo, que hasta entonces habían estado expuestas en el Museo Arqueológico de Calcis.
Una sección está dedicada a la prehistoria; esta contiene hallazgos de los asentamientos de Xerópolis, Amarinto y Magula.
Otra sección dedicada a la historia de la ciudad de Eretria se divide en varias áreas temáticas que comprenden la vida cotidiana, las costumbres funerarias, las prácticas religiosas, el ocio y las competiciones atléticas.
Entre los objetos más destacados se encuentran un centauro hallado en Lefkandi que es la representación de este animal mítico más antigua que se conoce, la escultura de Teseo y Antíope procedente del templo de Apolo Dafnéforo,[2] un alabastrón de época micénica decorado con figuras de animales,[3] un collar procedente de Lefkandi del periodo protogeométrico cuyos 53 colgantes muestran figuras sentadas, que sugiere contactos de la región con Fenicia y Chipre[4] y un ánfora de figuras negras de 560 a. C. donde se representan una lucha de Heracles contra centauros y en el otro lado una «Potnia Theron».