La sala II se dedica a hallazgos del neolítico tardío y de la Edad del Bronce.
La sala III contiene objetos pertenecientes a los periodos geométrico, arcaico y clásico de las necrópolis de las ciudades que se encontraban en la zona, que eran Maratón, Probalinto, Énoe y Tricorinto.
La sala IV se dedica a los tiempos de Herodes Ático, que vivió en el siglo II y que fue un gobernante romano que a la vez fue un benefactor de diversas ciudades y lugares de culto.
Entre los objetos exhibidos se encuentras estatuas, estelas funerarias, columnas e inscripciones.
La sala V contiene objetos del santuario de los dioses egipcios, que fue también fundado por Herodes Ático, entre los que se hallan numerosas estatuas de divinidades egipcias.