Se encuentra en un edificio de estilo neoclásico construido en 1870, diseñado por Ernst Ziller.
Hay también esculturas, relieves, inscripciones y hojas de obsidiana.
La colección se encuentra distribuida en cuatro salas de exposición y un espacio al aire libre adicional.
La sala B alberga los hallazgos prehistóricos desde el quinto milenio hasta finales del segundo milenio a. C. La mayoría proceden del yacimiento de Filakopí.
Entre ellos se encuentran piezas de cerámica y estatuillas, entre las que destaca la denominada «Dama de Filakopí», que representaba tal vez a una divinidad o a una sacerdotisa.