[1] En 1884 se creó la Sociedad Arqueológica Cristiana, dirigida inicialmente por Georgios Lambakis.
Esta reunió una colección que estuvo albergada entre 1893 y 1923 en el Museo Arqueológico Nacional de Atenas.
En 1930 el museo se trasladó a Villa Ilisia, un complejo residencial de edificios que había sido construido en 1848 y que se acondicionó para su nueva función de museo.
Entre ellos se encuentran iconos, mosaicos, recipientes de cerámica, esculturas, inscripciones, miniaturas, frescos, elementos arquitectónicos, manuscritos y prendas eclesiásticas.
Se encuentra dividida en dos secciones principales: la colección bizantina, que abarca desde el siglo IV hasta el XV y la colección posbizantina, que abarca desde el siglo XV hasta el XX.