En aquel tiempo, las poblaciones mesoamericanas eran pequeñas aldeas cuya ocupación principal era la agricultura de subsistencia, centrada especialmente en el cultivo del maíz.
El museo se ubica en la población de San Andrés Cholula, concretamente en la avenida 8 Norte n.º 2, esq.
Fueron los toltecas quienes formaron aquí el mayor centro ceremonial del Anáhuac, convirtiendo a Cholula en la Ciudad Sagrada.
Cholula ha sido un asentamiento con ocupación prácticamente ininterrumpida desde el siglo V hasta nuestros días.
La ciudad posee un particular encanto al recorrer su centro histórico rodeado de iglesias y bellos edificios coloniales, enmarcados por su gran pirámide prehispánica.
Está localizado sobre el arranque del talud norte de la Gran Pirámide y se puede acceder utilizando una rampa o escalinatas desde su jardín frontal.
De igual forma, el Museo, a través del INAH realiza publicaciones y cuenta con servicio sanitario.