[5] Las exhibiciones del museo están distribuidas en distintas instalaciones, algunas edificios históricos de la época alemana y prusiana que fueron restaurados y luego integrados al conjunto del museo, lo que se ha complementado con la reciente construcción de nuevos edificios.
En el área exterior del edificio, se puede apreciar exposiciones marítimas con especial énfasis en el buceo de aguas profundas.
Sobre el río Preguel, en el área del viejo puerto prusiano de Königsberg, entre los muelles Holländischerbaum y Hundegatt, se han amarrado varios barcos museo, en su mayoría accesibles para el público en general y cada uno con exposiciones temáticas: Durante un viaje de investigación como parte del Año Geofísico Internacional 1957, el Vitiaz descubrió en la fosa de las Marianas, que a 11 034 metros se encontraba el punto más profundo jamás conocido en los océanos del mundo.
En 2001 se instaló una gran exposición a bordo llamada «cabaña de ámbar».
La colección incluye las piedras más grandes e inusuales que se extraen, principalmente, del mar Báltico y sus alrededores.