[3] El espacio destinado al Museo se ubica en la mitad sur de la planta baja del edificio.
Pasillos: Allí se puede observar en exposición la munición y las máscaras utilizadas en la primera mitad de siglo.
Sala siglo XIX: Muestra la agitación ocurrida en el siglo XIX en Cartagena, trata temas políticos, campañas militares a Cuba, y hasta restos del bombardeo sufrido en Cartagena en 1873.
En este edificio, anexo al Edificio CIM, en cuyo frente sur se sitúa el Museo Naval de Cartagena, también se encuentra la sala dedicada a la Historia del Arma Submarina y la colección de modelismo naval Julio Castelo - Fundación Mapfre.
[4] Esta sala, dedicada a Isaac Peral, como su nombre indica, incluye una sección, Legado Isaac Peral, en la que se exponen planos documentos y objetos personales que forman parte del Patrimonio Nacional, además de pinturas, maquetas del submarino y un retrato de Isaac Peral.
[5] Este edificio acoge, así mismo, distintos elementos relacionados con la Historia del Arma Submarina Española.