Mantuvo esa función hasta 1860, año en que fue convertido en casa cural.
Al ser secularizado en 1754 el convento franciscano, se convierte en parroquia y al convertirse en museo, este resguarda el archivo de la parroquia entre los años 1602 a 1971.
[1] El museo cuenta con 18 salas, entre ellas el Bautisterio, en este espacio se encuentra la pila monolítica bautismal del siglo XVI y pone de manifiesto la mano de obra indígena y el arte tequitqui.
La pila presenta en su borde superior un cordón franciscano, más abajo una leyenda en lengua náhuatl qué explica: esta pila fue hecha en el año de 1581.
Tiene cuatro medallones con temas bíblicos como La lucha del arcángel San Miguel con Luzbel y el Bautismo de Jesús.