Creado como Museo Arqueológico Provincial de Almería en 1933, su sede actual fue inaugurada en el año 2006 en un singular edificio de nueva creación que fue galardonado con los premios PAD y ARCO 2004, finalista en 2005 en los premios FAD y obteniendo en el año 2008 la mención de honor del premio del museo europeo del año otorgado por el European Museum Forum.
[cita requerida] Hacia 1880 el ingeniero belga Louis Siret descubre los que aún hoy son considerados los principales yacimientos prehistóricos de la región, entre ellos, Los Millares y El Argar y como resultado de estos trabajos publica la obra «Les premieres ages du metal au Sudeste de la Peninsule Iberique» (Bruselas, 1887), por la que recibió buenas críticas y premios.
Louis Siret seguirá excavando y en 1924 dona al Museo Arqueológico Nacional la totalidad de su colección, pero se acuerda entre las partes implicadas que las piezas duplicadas pasen a la Diputación Provincial de Almería.
A la muerte de Juan Cuadrado en 1952, el museo se tuvo que cerrar porque la mayor parte de los fondos eran depósito suyo y la familia Cuadrado entró en litigio con la Diputación Provincial por cuestiones relacionadas con la herencia.
El diseño está dominado por líneas simples, minimalistas y grandes paramentos despejados.
Las tres plantas por las que se distribuye la colección museográfica poseen un eje vertebrador común, una enorme columna estratigráfica que implanta su base en la planta baja y asciende hasta prácticamente el techo del edificio, de forma que los diferentes periodos históricos tratados en cada piso coinciden con los estratos correspondientes en la secuencia estratigráfica.
[4] En la última planta se encuentra series monográficas rotatorias dedicadas a la Almería islámica.
[4] La primera planta comienza con la sala dedicada a las primeras sociedades agrícolas y ganaderas[4] y continúa con las salas dedicadas a la sociedad prehistórica de Los Millares.
La segunda planta está dedicada a la sociedad prehistórica de El Argar.
También restos romanos, lápidas, monedas, anzuelos, ánforas, salazones, ungüentarios, piezas elaboradas en terra sigillata y el estuco procedente de Villaricos.
Conforme se accede al interior de la sala, lo primero que llama la atención es el montaje que ocupa el centro, donde destaca una escultura instalada sobre un gran fragmento de mosaico.