Fundado por el jurista Vasco de Quiroga, el ahora museo, fungió desde 1540 como el Primitivo y Real Colegio de San Nicolás Obispo durante la época virreinal, antes de que el Colegio se trasladara en 1580 a Valladolid (hoy Morelia).
[1] A lo largo de su historia ha tenido varios usos, como cuartel militar, prisión, oficinas agrarias, hasta llegar a ser lo que es ahora.
En 1938 el entonces presidente Lázaro Cárdenas destinó el espacio como recinto museístico, y en 1942 se integró en la red de museos del Instituto Nacional de Antropología e Historia.
Le brinda un mantenimiento al edificio, y crear un nuevo ambiente, en el que invitan al público a conocer el modo de vida y organización de los pueblos originarios, mediante su contenido etnológico.
La temática del museo representa el trabajo y los oficios de cerca de los 50 pueblos purépechas originarios, los cuales se dividen en cuatro áreas: la Sierra, la Laguna, la Ciénega y la Cañada de los Once Pueblos.