En los ambientes se encuentran expuestos materiales pertenecientes a las diferentes épocas, según un recorrido estudiado que acompaña al visitante desde la fundación del monasterios hasta su extinción (acaecida a finales del siglo XVII).
En el recorrido se puede visitar también los principales ambientes del exmonasterio, que son las tres iglesias y el coro de las monjas.
La iglesia superior está completamente revestida por un intenso ciclo de frescos realizados por Floriano Ferramola entre el 1513 y el 1524; además de algunas partes datadas en el '400 y un gran fresco del '600.
LA iglesia se encuentra en el exterior del recorrido expositivo del museo ya que se ha convertido en una sala de conferencias: por lo tanto no es imposible de visitar.
La sección , que se desarrolla en el plano semienterrado del antiguo monasterio, ilustra la evolución de los asentamientos humanos en el territorio bresciano desde el III milenio a.C.
En las diversas salas, las piezas están divididas de tal manera que ilustran la organización social y política de la ciudad del templo, reagrupando entre ellas los documentos del poder económico, político y eclesiástico.