El origen del museo tiene su precedente en una primera colección arqueológica que se reunió en Zacinto en 1882.
Posteriormente, en 1908 se fundó el Museo de Antigüedades Medievales y Bizantinas, que exponía sus obras en un edificio alquilado.
Durante todos estos años el museo fue enriqueciéndose con nuevas obras procedentes principalmente de iglesias y castillos.
Este edificio se acabó de construir en 1959 y fue inaugurado al año siguiente; se halla en la plaza Dionisios Solomós y fue diseñado por el arquitecto Spyridon Lageris en estilo neoclásico.
La sala beta alberga pequeñas esculturas, relieves, estelas funerarias, elementos arquitectónicos y placas epigráficas del periodo helenístico, de la época bizantina y de los primitivos cristianos.