El recinto es catalogado como monumento histórico por el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) para su preservación.
En 1850 el convento sufrió de exclaustración al ser adquirido por el gobierno federal, terminando siendo fraccionado.
En 1877, la huerta del convento fue comprada por Enrique Maxemín, quien construyó una finca.
Fueron conservados dos patios y dos bóvedas de crucería del convento.
[2][3] El museo cuenta con seis salas permanentes en la planta baja que se enfocan en los desarrollos artísticos, etnográficos, urbanos e históricos de Guadalajara.