Sus colores son el blanco y rojo.
Inicialmente perteneció a la capital del estado, pero trasladó su sede al municipio de Caracaraí en 2012.
En 2016, Náutico regresó a la ciudad de Boa Vista.
Con 14 participaciones desde la profesionalización del fútbol en Roraima (sólo no compitió en 1995, 1996, 1997, 2007 y 2009), el Náutico obtuvo buenas colocaciones en 2010, cuando decidió el título y perdió para el Baré y en el 2012, cuando perdió para el São Raimundo.
En 2013 conquistó el título estadual, venciendo en la final el São Raimundo.