Estos nodos se instalan luego en una disposición de multiprocesamiento simétrico (SMP) normal.
Cray también ha desarrollado un compilador Ada que está disponible como opción.
Algunas aplicaciones verticales están disponibles a través de NEC, pero el planteamiento general era que los clientes desarrollaran gran parte de su propio software.
Además de las aplicaciones comerciales, existe un amplio repertorio de software libre para el entorno UNIX que se puede compilar y ejecutar en SUPER-UX, como Emacs y Vim.
La tarjeta PCIe SX-Aurora TSUBASA se ejecuta en una máquina Linux, el Vector Host (VH), que proporciona servicios de sistema operativo al Vector Engine (VE).
[20] El sistema operativo VE VEOS se ejecuta en el espacio del usuario en el VH.
Las aplicaciones compiladas para VE pueden usar casi todas las llamadas al sistema Linux, que se reenvían y ejecutan de forma transparente en el VH.
Los componentes de VEOS tienen licencia GNU General Public License.