En 1565 fue enviado a España, recibiendo elogios por su gestión de Phayre, el ministro inglés en Madrid.
Había causado una buena impresión a Robert Dudley, conde de Leicester y a Francis Walsingham, que lo recomendaron a la reina para el gobierno de Connacht, aunque pasarían varios meses hasta que ocupara efectivamente el cargo.
Tras su nombramiento, Malby procedió contra John y Ulick Burke, hijos del conde de Clanricarde, atacando sus territorios.
En abril de 1578, Malby invadió su país, capturó su castillo principal y pasó por la espada a toda la guarnición.
Durante su estancia en Inglaterra, pese al mal comportamiento de sus subordinados, Connacht permaneció tranquilo; Al estallar la Segunda Rebelión de Desmond de James Fitzmaurice, Malby marchó sobre Limerick en apoyo del Lord Justicia, Sir William Drury, que se encontraba enfermo.
y tras varios esfuerzos infructuosos por lograr su cooperación, lo trató como a un rebelde; por su parte, Desmond acusaba a Malby de que su actitud represiva era la principal causa de su rebelión.
Durante el asedio de Carrigafoyle, Malby colaboró con Sir William Pelham, enviando suministros desde Connacht.
En mayo acordó una breve paz con los Burke, con la intención de visitar la corte, pero cuando estallaron las hostilidades entre Turlough Luineach O'Neill y Hugh O'Donnell en julio, recibió la instrucción de apoyar a O'Donnell.
Marchó hasta Lifford y, tras destruir la ciudad, se unió al lord diputado.
A finales de noviembre viajó a Inglaterra para informar sobre la situación general en Irlanda pero fue acusado de conducta violenta, tiránica y corrupta durante su administración, y la reina decidió escuchar el caso.
Pero O'Conor Sligo respondió y, cuando Malby se acercó, O'Donnell cruzó rápidamente el río Erne .