Fue fundado en 1913, la torre construida inicialmente en 1870 era un mirador que por ser la construcción más alta, fue declarado observatorio ideal del barrio de Balvanera.
Es el observatorio astronómico más antiguo de Buenos Aires que todavía se mantiene en actividad.
Desde 2013 se encuentra constituida la Asociación Civil Observatorio Astronómico San José que se encarga de la funcionalidad del Observatorio a través de los aportes mensuales de los socios que se destinan al mantenimiento del observatorio para mantener actualizado el instrumental y elementos didácticos así como ampliar y renovar el mismo.
El Observatorio San José cuenta con varias secciones destinadas a la enseñanza, divulgación y observación astronómicas.
Sin lugar a dudas la principal actividad del Observatorio San José, fiel al propósito con que fue fundado, es la enseñanza y la difusión de la astronomía.