Fue fundado en 1928 y su nombre es en reconocimiento del astrónomo eslovaco Milan Rastislav Štefánik.
En 1976 fue sometido a una importante reconstrucción dotándolo del aspecto actual.
El telescopio principal del observatorio es un telescopio refractor doble construido por Carl Zeiss en 1908, que fue propiedad del selenógrafo Rudolf König y que fue comprado e instalado en la cúpula principal en 1928.
En la cúpula occidental hay un telescopio Maksutov-Cassegrain instalado en 1976.
Por último, la cúpula oriental del observatorio se usa sólo para observaciones científicas y desde 1999 está equipada con un telescopio de 40 cm de la marca Meade.