Harrington jugó al baloncesto universitario en la Universidad de Georgetown, compartiendo vestuario con Allen Iverson.
Fue titular en los 132 encuentros que disputó con Georgetown, lanzando en un 55% o más en sus cuatro años en el equipo.
Harrington fue elegido en el tercer mejor quinteto de la Big East Conference y promedió 1.57 tapones.
En esa ocasión su equipo finalizó el torneo consagrándose campeón invicto.
Previo a ello había formado parte del combinado que terminó segundo en el Campeonato FIBA Américas Sub-22 de 1993.