Pérdicas lo mató y tomó el trono en 365 a. C. En 361 a. C., entró a su servicio el político ateniense en el exilio, Calístrato, que le ayudó a reorganizar su reino.
Sin embargo, los problemas externos del reino no acabaron y Macedonia seguía presionada en sus frentes tradicionales: la costa egea, en la que seguían las disputas con los atenienses, y las fronteras occidentales, donde los ilirios habían renovado sus agresiones contra Macedonia.
Durante su reinado se alía con la ciudad de Tebas en Grecia, entregándole rehenes para mostrar su amistad y fidelidad.
Enfrentado a Atenas perdió dos plazas importantes: Metona y Pidna (364 a. C.).
Pérdicas III mantuvo vínculos con filósofos como Platón y Eufreo de Óreo; este último, incluso, pasó un tiempo en la corte del rey macedonio.