Era el tercer hijo de Malatesta IV Malatesta, señor de Pesaro, y su esposa Isabel da Varano.
Su hermano Carlo se casó con Vitoria Colonna, sobrina del papa Martín V, en 1428.
Pandolfo se convirtió en archidiácono de Bolonia en 1404.
Asistió al Concilio de Constanza en 1414.
Huyó a Naupacto y luego a Italia donde murió el 17 de abril de 1441.