El parque nacional Arrecife de Puerto Morelos forma parte de la barrera arrecifal denominada «Gran Cinturón de Arrecifes del Atlántico Occidental» (también conocido como «Gran Arrecife Maya» y pertenece al Sistema Arrecifal Mesoamericano) considerada como la segunda barrera arrecifal más grande del mundo, así mismo esta sección de la barrera, ubicada frente a Puerto Morelos, se extiende al norte hasta la colindancia con el parque nacional Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc, y a 40 km al sureste se encuentra el parque nacional Arrecifes de Cozumel.
La zona costera al igual que toda la península se caracteriza por presentar un relieve muy escaso y por la ausencia de ríos superficiales debido a la naturaleza kárstica del terreno.
Entre estos dos rasgos hay depresiones que dan lugar a un ambiente lagunar somero, con esporádico contacto con el mar adyacente.
Las lluvias son más abundantes en el verano y la humedad relativa promedio anual es de 84 %.
Los vientos alisios dominan, aunque son interrumpidos por "nortes" normalmente de octubre a mayo.
Desde la década de los ochenta los puertomorelenses estuvieron involucrados en actividades tendientes a su conservación, sin embargo, no fue sino hasta mediados de 1995 que la comunidad trabajó en forma organizada en las gestiones para que el arrecife fuera decretado como parque nacional.
También se trabajó activamente en los aspectos técnicos que justificaran la creación de un parque nacional.
El Subconsejo elabora y distribuye materiales educativos e informativos, como folletos, trípticos, carteles, pósteres y diversos medios impreso s con temáticas de educación ambiental.
El aporte de agua a este sistema de humedales llega por tres fuentes distintas: El flujo hidrológico del acuífero RH 32 A, se descarga en el mar en una amplia región que abarca la región que ocupa el parque nacional.
Las playas para uso recreativo tienen como característica especial oleaje con crestas de olas de tan solo 15 cm, lo cual favorece las condiciones para niños pequeños o personas que no puedan nadar.
Adentrándose a la laguna arrecifal la práctica de deportes acuáticos no motorizadas es muy popular, tales como el kayak y windsurf.
Frecuentemente en las oficinas locales del parque se imparten cursos de capacitación para los guías y navegantes.
La fauna marina es muy amplia, es muy frecuente encontrar cardúmenes de jureles, pargos, barracudas, algunos tipos de chernas, rayas águila, y ocasionalmente tiburón nodriza o gata y tiburón toro.