[1] Al igual que la mayor parte del nordeste de Victoria, Wyperfeld era un mar poco profundo hace unos 25 millones de años emergiendo hace relativamente poco tiempo.
En años de crecida, el río Wimmera llena el lago Hindmarsh al sur del parque, que sobrepasa el dique del lago y llena el lago Albacutya más al sur del parque.
En años de lluvias abundantes el agua fluye más al norte hacia Wyperfeld, formando una serie de lagos menores que dan soporte a comunidades de flora y fauna establecidas en la zona de Caja Negra y del río Cara Roja.
Antes del establecimiento de colonos europeos, la red de lagos efímeros se llenaba y vaciaba en promedio cada 20 años, quedando vacíos los lagos por cerca de la mitad del período.
En tiempos reciente, la irrigación para la agricultura y los proyectos de drenaje han tomado parte importante del agua que llegaba a Wyperfeld y ahora los lagos no se han llenado completamente desde 1975 y se secaron a los dos años.