En 1994 fue declarada patrimonio histórico por el Instituto Nacional de Antropología e Historia.
En el siglo XVII se trasladó el patronazgo de San Pablo al vecino pueblo de Chimalpa, mientras que Cuajimalpa conservó a San Pedro como único santo patrono.
La obra se desarrolló a lo largo de los dos siguientes siglos en distintas etapas.
En la década de 1940 el templo fue usado como escenario para grabar la película «Los tres García», dirigida por Ismael Rodríguez y protagonizada por Pedro Infante.
En el centro de la fachada se ubica el óculo del coro enmarcado en un frontón semicircular.