Los orígenes del PCBR se remontan a los primeros tiempos posteriores a 1964, cuando su entonces principal dirigente, Mário Alves, periodista e intelectual de prestigio dentro de la rama ejecutiva del PCB, comenzó a oponerse a las posiciones mantenidas por Luís Carlos Prestes en el Comité Central del partido, formando la denominada Corriente Revolucionaria (Corrente Revolucionária) con cierta fuerza en Río de Janeiro y el nordeste de Brasil.
Este gobierno supuestamente cumpliría tareas “democráticas y antiimperialistas, que abrirían el camino hacia la revolución socialista, en una formulación que se aproximaba a la fórmula trotskista de la revolución permanente.
Tras el primer asalto a un banco realizado por el PCBR en Río de Janeiro, tuvo inicio una serie de encarcelamientos que alcanzaron al Comité Central del partido, llevando a centenas de sus militantes a las prisiones del entonces régimen militar brasileño.
Según el relevamiento realizado por Brasil: Nunca Mais (“Brasil: Nunca más”), tuvieron lugar 31 procesos judiciales referidos o relacionados al PCBR, sumando unos 400 ciudadanos los alcanzados como reos o acusados durante las investigaciones o averiguaciones de antecedentes.
Esta acción extemporánea fue repudiada por muchos militantes, dentro y fuera de la organización.