[1] Originalmente, se identificó a Patagonia como algún tipo de mamífero marsupial.
Sin embargo, debido a sus cualidades sumamente peculiares se tendía a situarlo en su propio orden y familia, Patagonioidea y Patagoniidae, respectivamente.
[2][1] Como otros aloterios su anatomía del masetero y la orientación de los molariformes sugieren que tenía una mordida palinal (del frente hacia atrás), un estilo de masticación que no ha sido observado en los mamíferos modernos y es una de las varias características anteriormente consideradas como "extrañas".
[6] Esto coincide con los hábitos excavadores y pastadores de Patagonia.
Patagonia probablemente evitaba la competencia al ocupar un nicho bastante especializado.