En los patógenos bacterianos de las plantas, como Erwinia carotovora, y en los patógenos fúngicos, como Aspergillus niger, la pectin esterasa participa en la maceración y la putrefacción suave de los tejidos vegetales.
La pectin esterasa cataliza la desesterificación de las unidades de ácido D-galactosidurónico metilesterificado en compuestos pécticos que producen sustratos para las enzimas despolimerizantes, en particular las pectinas ácidas y el metanol.
La mayoría de las pectin esterasas vegetales purificadas tienen puntos isoeléctricos neutros o alcalinos y están unidas a la pared celular mediante interacciones electrostáticas.
Sin embargo, las pectin esterasas pueden presentar puntos isoeléctricos ácidos como los que se detectan en las fracciones solubles de los tejidos vegetales.
Por otra parte, se pensaba que las pectinesterasas fúngicas tenían una actividad aleatoria que daba lugar a la desesterificación de residuos de GalA individuales por interacciones enzima/sustrato.