En 1545 fue nombrado Comisario Proveedor durante la guerra de Carlos V contra Francisco I de Francia y a cuyo término marchó a Milán y en 1547 acompañó al emperador a Alemania durante la campaña contra los luteranos, destacándose como "hombre principal y de lustre".
Ya debía tener algún capital reunido pues su paso por el océano, fue significativo y ostentoso.
Se hallaba en Lima cuando recibió encargo de pasar a Pachacámac acompañando al oidor Hernando de Santillán y Figueroa, para reunir tropas y hacer frente al rebelde.
Nuevamente en Lima, salió en campaña con el grueso del ejército realista que mandaba al arzobispo Gerónimo de Loayza y los oidores.
En Arequipa sostuvo un combate con Juan de Piedrahíta, lugarteniente del rebelde, cayendo prisionero.
Vencido el caudillo rebelde, fue el encargado de salir en su persecución acompañando al general Meneses.
Estas jornadas, que se sucedieron por más de diez años, le trajeron solo penalidades y ningún provecho.
La Armada zarpó a Panamá en febrero de 1579 en persecución del corsario, pero llegó tarde, cuando éste ya había salido de la ciudad, y tuvieron que regresar en julio a Lima.
En premio a esos servicios le fueron asignados mil pesos de plata por dos vidas.
Entonces Arana avanzó tranquilamente a Riobamba en busca de mayores comodidades, aunque contaba con los refuerzos recogidos en Guayaquil y Chimbo, se dedicó a esperar otros más que le habían prometido enviar de Cuenca y Loja.
Arana avanzó a Latacunga, pero en vista de que la situación no se le presentaba del todo clara, prefirió esperar.
El Rey Felipe II, decidido a terminar con los alborotos, designó en Madrid al Lic.
En diciembre de 1570, Arana regresó a Lima acompañado por el capitán Juan Pérez Moreno y el gobernador destituido Aguirre.