Estudió luego en el Convictorio de San Carlos donde tuvo por maestro al ilustre sacerdote Bartolomé Herrera.
Por entonces la cancillería se hallaba agitada debido a la arrogante presencia de la Escuadra Española del Pacífico y sus exigencias desmedidas.
A Calderón le correspondió reunir en Lima el Congreso Continental que convocara su antecesor Toribio Pacheco, así como estampar su firma en el controvertido Tratado Vivanco-Pareja, donde se transigía con los españoles, de una manera que la población peruana consideró indigna y vergonzosa.
El nuevo gobierno desató una persecución contra los ministros de Pezet, que fueron sometidos a juicio en el fuero civil.
Junto con Manuel Ignacio de Vivanco, José Jorge Loayza y Pedro José Carrillo, Calderón se refugió en la legación francesa, para luego zarpar hacia el extranjero (diciembre de 1865).
Ya reconciliado con el poder político, fue acreditado por el presidente José Balta como ministro plenipotenciario en Berlín y Viena.